綠島為一個中央有山的島嶼，除了颱風之外，全年度都適合潛水。冬天吹東北季風的時候適合潛島嶼的南面，夏天吹南風或西南風的時候適合潛島嶼的北面。基本上依照風向帶點，以季節風的背風面為主要位置。
風向請參考 Windy 或 中央氣象局
因黑潮流經，水溫全年宜人，夏天水溫可高達30度，甚至在冬天寒流的時候，海水溫度都有22度左右，所以冬天要來綠島潛水其實也很適合，只要上岸立刻穿好防風外套即可。
大部分的潛場深度，坐落在5米~30米之間，能見度時常都是超過20米，海水澄澈，陽光穿透灑落在五顏六色的珊瑚上，繽紛的各類魚種悠游其間，非常適合休閒自由潛水/水肺 的潛水員，不論是剛學會或是老手，都能在綠島玩得很開心。

適合自由潛水員/水肺潛水員 岸潛的潛點，北面以【柴口保育區】與【將軍岩】【中寮港外測】海域為主，南面以【石朗保育區】與【大白砂】海域為主，東面以【溫泉港外側】為主。每個海域又依照導潛經驗值而產生各種不同的路線。

船潛的安排也是大致依照: 背風面潛水的這個原則，找尋較為平穩安全的地方，去安排潛水點。 船潛點安排通常會比岸潛點較深、或較不易到達的點為主。
不論船潛或岸潛的安排，最終也還是要以潛水員的實際潛水經驗與狀況為參考去安排。

石朗保育區

石朗保育區，位於綠島的西南面，主要特色為隆起珊瑚礁構成的裙礁地形，大致上可以分為保育區的(面對大海) 的左側跟右側。左側有好玩的餵魚浮潛區、海底郵筒、愛心、小藍魚礁；右側有亞特蘭提斯、十字架、小丑島、大香菇、摩艾象。

大白砂

大致範圍由大白砂潛水步道至馬蹄橋之間的海域，主要海岸線有貝殼沙灘、珊瑚群坐落，甚至部分礁石布滿花花綠綠的軟珊瑚，彷彿花牆一般。大白砂潛點，屬於較有深度的潛場，上下岸也比較不好走。冬天如果要練一點深度的時候，通常在這區，建議要請導潛伴隨較安全。著名的潛點有時光隧道、獨立礁。
​但珍妮認為此區有更多沒有被取名的區域風景，其實也很漂亮，希望大家能多看看。

柴口保育區

柴口保育區，同樣設有潛水步道，與石朗相同，也是全年禁止採捕的保育區，水中多由許多巨型團塊微孔珊瑚，形成層層堆堆疊的造型(例如黑毛礁)，以及剛入水時有許多美麗的玫瑰珊瑚，都是可以好好欣賞的珊瑚景觀。
一入水之後，幾乎遍地都是珊瑚，伴隨保育區親人的魚群，近岸就很漂亮。著名的景點有 黑毛礁、龜龜島、玫瑰珊瑚群聚。

將軍岩

將軍岩海域，坐落在公館港旁，將軍岩岩石附近即有15-20米的深度可以練習，而沿著海岸線走，則是一整片的礁盤，地形景觀豐富。但要特別注意的是，要入水此點禁忌從航道與港口下水，有時候綠島南風旺盛的時候，潛水船也會在這附近潛水，需特別注意浮球的使用安全以及與船隻之間的距離。建議由(面對大海)將軍岩的右側下水較為安全。

來綠島玩，你應該要注意與遵守的是....

1. 注意綠島的海流。綠島的水之所以清澈，乃因時常有強流可以帶走懸浮物，下水的時候應注意與陸地景物的相對位置，隨時保持機警狀態。有時候突然起流，甚至連專業的教練都會覺得非常疲憊，新手請特別注意。
2. 注意綠島的潮汐。綠島的潮汐與潮差，關係到不同潛點地形的入水模式，不要因為不熟悉上下岸模式，導致上下岸的時候在礁盤上翻滾。
3. 請攜帶完整的裝備。浮球、綁繩、面鏡、呼吸管、蛙鞋、襪套、相機的失手繩。請都準備好，尤其沒有帶蛙鞋就冒然在開放海域下水，有可能在起流的時候回不來。
4. 自潛員請正確攜帶與使用浮球。 正確使用浮球，可以讓海面上的船隻與單位知道有潛水員在此活動，保護潛水員的安全。浮球應該做好固定工作，避免傷害海中珊瑚。沒有攜帶浮球，就請您不要下海。
5. 注意船隻與自潛員之間的距離。綠島是一個海洋活動盛行的小島，有許多的大小船隻出入。不要在航道潛水、當有船隻接近的時候請確實靠在浮球旁邊，讓船長知道有潛水員在水中。較為外海的潛點，請搭乘潛水船出海。
6. 保持禮貌。不論是浮潛、自潛、水肺、船潛，大家都是共同擁有這遍海域，應保持互相尊重、將心比心以及友善的態度，不要有吵架、挑釁等動作發生。